Joseph Deschamps, Pierre Mugnier, Patrick Ancey et Bernard Simond sont les représentants d'une espèce en voie d'extinction dans la vallée de Chamonix : éleveurs de vaches d'Hérens. Dans une montagne en proie au tout tourisme, ils doivent se battre quotidiennement pour perpétuer et faire vivre cette activité ancestrale.
Pour quelles raisons gardent-ils « leurs Noires » ? Comment les élèvent-ils ? Comment font-ils pour composer avec les exigences d'une double activité quasi obligatoire ? Comment s'en sortent-ils au jour le jour ? Comment se sentent-ils dans leur peau de paysan ? Quel rôle jouent-ils dans la société montagnarde ? Ce sont quelques-unes de ces questions auxquelles Noires Désir tente de répondre en s'immergeant dans un monde souvent méconnu.
A travers le portrait collectif de ces éleveurs passionnés et ancrés dans les alpages, le film dresse aussi celui des fameuses « Reines noires » avec en toile de fond la photographie actuelle d'un pastoralisme de montagne en résistance dans l'un des sites touristiques les plus visités au monde. Une autre image, authentique et vraie, du pays du Mont-Blanc.